مأموريت‌هاي مركز:

1. توليد دانش روا و مناسب در زمينۀ علوم اسلامی با گرایش پزشکی؛
2. تربيت نيروی انسانی متخصص در علوم قرآن و حدیث؛
3. انجام تحقيقات بنيادی در زمينه‌های علوم پايۀ پزشكی و علوم بالينی؛
4. انجام پژوهش‌های بنيادی در زمينۀ دستورهای بهداشتی و درمانی و آموزش پزشکی؛
5. انجام پژوهش‌های تخصصی در زمينۀ علم احادیث و روایات منصوب به ائمۀ معصومین (ع)؛ 
6. انجام پژوهش‌های بنيادی در زمينۀ بيماری‌های خاص (پيشگيری، تشخيص و درمان)؛
7. برگزاری دوره‌های آموزشی كوتاه‌مدت و بلندمدت و تشكيل كارگاه‌های آموزشی و پژوهشی؛
8. طراحی و اجرای پروژه‌های مداخله‌ای در جامعه؛
9. ساده‌كردن علوم پزشكی برای آحاد جامعه؛
10. نيازسنجی پژوهشی و كاربردی؛
11. اطلاع‌رسانی و انتشار مطالب و نتايج تحقيقات؛
12. اشاعۀ فرهنگ بهره‌وری؛
13. ارائۀ مشاوره به مسئولان بهداشت، درمان و آموزش پزشكی در تمامی زمينه‌های بهداشتی، درمانی و آموزشی منطبق با آموزه‌های دینی؛
14. ارائۀ خدمات مشاوره‌ای و اجرايی به سازمان‌های بين‌المللی و همچنین سازمان‌های مردم‌نهادِ (NGO) داخلی و خارجی؛
15. گسترش همكاری‌های علمی-پژوهشی درون‌بخشی و فرابخشی؛
16. مشاركت‌دادن اعضای هيئت علمی در تصميم‌سازی پژوهشی كشور؛
17. اعطای بورس‌های تحصيلی، فرصت‌های مطالعاتی و فلوشيپ به پژوهشگران و اعضای هيئت علمی مركز؛
18. جذب بودجه‌های پژوهشی سازمان‌های داخلی و بين‌المللی؛
19. هدفدار كردن مسير تحقيقات كشور؛
20. ترجمه و تدوین کتب آموزشی.